BaÅŸlangıçta sadece Ziraat ve Tıp Fakültelerini içeren Ege Üniversitesi (E.Ü.), 1955 yılında kurulmuÅŸtur. Daha sonraları, E. Ü.'nin kapsamında bulunan fakültelere yenileri de eklenmiÅŸtir. Bu kuruluÅŸlarda yapılan bilimsel araÅŸtırmaların matematiksel ve istatistiksel deÄŸerlendirmeleri için, bilgi iÅŸlem aygıtları olarak mekanik ve elektrikli hesap makineleri kullanılmıştır. 1970 yılında Ege Üniversitesi'nin bilgi iÅŸlem gereksinimini karşılamak ve aynı zamanda üniversiteye baÅŸvuran öÄŸrencilerin fakültelere yerleÅŸtirme iÅŸlemini yapmak amacıyla, E.Ü. RektörlüÄŸü'ne baÄŸlı olarak, Elektronik Hesap Merkezi kurulmuÅŸtur.

Bu dönemde, Ege Üniversitesi'nin mühendislik eÄŸitimi veren birimlerinin öÄŸretim programları kapsamına, Bilgisayar Programlama adı altında bir ders eklenmiÅŸ ve bu dersle birlikte, bazı fakültelerin istatistik derslerinin Elektronik Hesap Merkezi'nce yürütülmesi düÅŸüncesi benimsenmiÅŸtir. Merkez, Elektronik Hesap Merkezi statüsü ile akademik bir iÅŸlev yüklenemeyeceÄŸi için, 1975 yılında yeniden organize olmuÅŸ ve adı Elektronik Hesap Bilimleri Enstitüsü'ne dönüÅŸtürülmüÅŸtür. Böylelikle kuruluÅŸ akademik ve idari kadrolara kavuÅŸmuÅŸtur.

E.Ü. Elektronik Hesap Bilimleri Enstitüsü 1982 yılına kadar, Bilgisayar Uygulamalı Ä°statistik ve Bilgisayar dalında yüksek lisans ve doktora öÄŸretim programları yanında Bilgisayar Programlama servis derslerini de kesintisiz olarak sürdürmüÅŸtür. Enstitü, Türkiye'de yükseköÄŸretim kurumlarını yeniden düzenleyen 41 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile kaldırılmıştır. Buna karşılık E.Ü. Mühendislik Fakültesi bünyesinde, Bilgisayar Bilimleri MühendisliÄŸi Bölümü kurulmuÅŸ ve Enstitünün akademik elemanları bu bölüm içinde dört yıllık bir lisans eÄŸitim programını gerçekleÅŸtirmek üzere E.Ü. Mühendislik Fakültesi'ne atanmışlardır.

Söz konusu lisans eÄŸitimi, 1982-1983 öÄŸretim yılında ön kayıt sistemi ile alınan 25 öÄŸrenci ile baÅŸlatılmıştır. Bölümün kuruluÅŸu Ä°zmir'de yapılmakta olan IV. BiliÅŸim Kurultayı dönemine rastlamıştır. Bölümün eÄŸitim programının oluÅŸturulmasında, kurultaya katılan kamu ve özel sektör çalışanları ile diÄŸer üniversitelerin bilgisayar bölümlerinde görev yapan öÄŸretim elemanlarının bilgi ve deneyimlerinden yararlanılmıştır. DoÄŸal olarak, E.Ü. Mühendislik Fakültesi Bilgisayar Bilimleri Bölümü'nün öÄŸretim programı ve derslerin içerikleri 1982 yılında hazırlanmış olduÄŸu haliyle kalmamış, bilgisayar teknolojisindeki geliÅŸmeleri yansıtacak biçimde sürekli yenilenmiÅŸtir.

Bilgisayar Bilimleri MühendisliÄŸi Bölümü'ndeki lisans eÄŸitimi 1984-1985 yılına kadar tümüyle Türkçe verilmiÅŸ, 1985-1986 öÄŸretim yılından itibaren, öÄŸretim programının %30'u Ä°ngilizce dilinde yürütülmüÅŸtür. Bilgisayar Bilimleri MühendisliÄŸi adı deÄŸiÅŸtirilerek Bilgisayar MühendisliÄŸi Bölümü'ne çevrilmiÅŸ,1992-1993 öÄŸretim yılı başında ise eÄŸitim dili tamamiyle Ä°ngilizce olmuÅŸtur. Son olarak, 1996-1997 öÄŸretim yılından itibaren öÄŸretim programının yaklaşık %40'ının Ä°ngilizce dilinde yürütülmesi kararı alınmıştır.

2004-2005 eÄŸitim öÄŸretim yılından itibaren Bilgisayar MühendisliÄŸi Bölümünde  bağıl not sistemi uygulanmaktadır.