Başlangıçta sadece Ziraat ve Tıp Fakültelerini içeren Ege Üniversitesi (E.Ü.), 1955 yılında kurulmuştur. Daha sonraları, E. Ü.'nin kapsamında bulunan fakültelere yenileri de eklenmiştir. Bu kuruluşlarda yapılan bilimsel araştırmaların matematiksel ve istatistiksel değerlendirmeleri için, bilgi işlem aygıtları olarak mekanik ve elektrikli hesap makineleri kullanılmıştır. 1970 yılında Ege Üniversitesi'nin bilgi işlem gereksinimini karşılamak ve aynı zamanda üniversiteye başvuran öğrencilerin fakültelere yerleştirme işlemini yapmak amacıyla, E.Ü. Rektörlüğü'ne bağlı olarak, Elektronik Hesap Merkezi kurulmuştur.

Bu dönemde, Ege Üniversitesi'nin mühendislik eğitimi veren birimlerinin öğretim programları kapsamına, Bilgisayar Programlama adı altında bir ders eklenmiş ve bu dersle birlikte, bazı fakültelerin istatistik derslerinin Elektronik Hesap Merkezi'nce yürütülmesi düşüncesi benimsenmiştir. Merkez, Elektronik Hesap Merkezi statüsü ile akademik bir işlev yüklenemeyeceği için, 1975 yılında yeniden organize olmuş ve adı Elektronik Hesap Bilimleri Enstitüsü'ne dönüştürülmüştür. Böylelikle kuruluş akademik ve idari kadrolara kavuşmuştur.

E.Ü. Elektronik Hesap Bilimleri Enstitüsü 1982 yılına kadar, Bilgisayar Uygulamalı İstatistik ve Bilgisayar dalında yüksek lisans ve doktora öğretim programları yanında Bilgisayar Programlama servis derslerini de kesintisiz olarak sürdürmüştür. Enstitü, Türkiye'de yükseköğretim kurumlarını yeniden düzenleyen 41 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile kaldırılmıştır. Buna karşılık E.Ü. Mühendislik Fakültesi bünyesinde, Bilgisayar Bilimleri Mühendisliği Bölümü kurulmuş ve Enstitünün akademik elemanları bu bölüm içinde dört yıllık bir lisans eğitim programını gerçekleştirmek üzere E.Ü. Mühendislik Fakültesi'ne atanmışlardır.

Söz konusu lisans eğitimi, 1982-1983 öğretim yılında ön kayıt sistemi ile alınan 25 öğrenci ile başlatılmıştır. Bölümün kuruluşu İzmir'de yapılmakta olan IV. Bilişim Kurultayı dönemine rastlamıştır. Bölümün eğitim programının oluşturulmasında, kurultaya katılan kamu ve özel sektör çalışanları ile diğer üniversitelerin bilgisayar bölümlerinde görev yapan öğretim elemanlarının bilgi ve deneyimlerinden yararlanılmıştır. Doğal olarak, E.Ü. Mühendislik Fakültesi Bilgisayar Bilimleri Bölümü'nün öğretim programı ve derslerin içerikleri 1982 yılında hazırlanmış olduğu haliyle kalmamış, bilgisayar teknolojisindeki gelişmeleri yansıtacak biçimde sürekli yenilenmiştir.

Bilgisayar Bilimleri Mühendisliği Bölümü'ndeki lisans eğitimi 1984-1985 yılına kadar tümüyle Türkçe verilmiş, 1985-1986 öğretim yılından itibaren, öğretim programının %30'u İngilizce dilinde yürütülmüştür. Bilgisayar Bilimleri Mühendisliği adı değiştirilerek Bilgisayar Mühendisliği Bölümü'ne çevrilmiş,1992-1993 öğretim yılı başında ise eğitim dili tamamiyle İngilizce olmuştur. Son olarak, 1996-1997 öğretim yılından itibaren öğretim programının yaklaşık %40'ının İngilizce dilinde yürütülmesi kararı alınmıştır.

2004-2005 eğitim öğretim yılından itibaren Bilgisayar Mühendisliği Bölümünde  bağıl not sistemi uygulanmaktadır.